O jogo mantém muitos recursos de seu antecessor e adiciona muitos mais. O jogo possui 305 personagens (56 dos quais são totalmente jogáveis) de 41 diferentes séries de mangás Shōnen .
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A maior parte da jogabilidade é baseada no uso de painéis de mangá que representam personagens para criar decks em uma grade de quatro por cinco. Os painéis vêm em vários formatos e tamanhos, ocupando de um a oito blocos. Existem três tipos de painéis que podem ser inicializados na batalha: painéis de Batalha, Suporte e Ajuda, com decks precisando de pelo menos um de cada tipo e um líder atribuído antes de serem jogáveis. Os painéis de batalha são de quatro a oito painéis de blocos que representam personagens jogáveis. Eles são baseados em vários painéis de mangá e são usados para representar o tipo de ataques especiais que os personagens têm. Painéis de suporte são dois ou três painéis de bloco que representam personagens não jogáveis que podem realizar ações como ataques, cura ou efeitos de status. Os painéis de ajuda são um painel de bloco que pode dar diferentes impulsos aos personagens aos quais eles são colocados. Cada painel de batalha vem com uma certa natureza. Essas naturezas (Conhecimento, Força e Riso) agem em umaRelação pedra, papel e tesoura com a força que vence o conhecimento, o conhecimento vence o riso e o riso vence a força. O tipo mais forte causará mais dano ao tipo mais fraco. Novos painéis podem ser desbloqueados eliminando desafios no Modo História ou evoluindo os painéis existentes usando joias coletadas no Modo História para desbloquear novos caminhos e painéis, como variações mais fortes dos painéis Batalha.
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