Em adição aos elementos que foram adicionados aos jogos anteriores da série Ultimate Ninja, Ultimate Ninja 4 oferece vários novos aspectos de combate. Quando dois oponentes se enfrentam, eles começam uma série de avanços em alta velocidade, aparecendo como um par de borrões piscando através do estágio. O vencedor é determinado por um jogo semelhante ao Pedra, Papel, Tesoura. Há também a adição do “Despertar de Jutsu”. Quando as condições são as mais encontradas, um personagem pode desencadear seu “Jutsu Awakening”. Estas técnicas são mais poderosas do que um Jutsu Ultimate normal e, como o nome indica, “desperta” poderes de um personagem (ex: uma forma Kyūbi de Naruto, na qual ele fica rodeado pelo chakra vermelho da raposa).
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O jogo apresenta um “Modo Mestre”, um modo RPG que ocorre antes do enredo de Naruto: Shippūden, Neste modo, os jogadores são capazes de experimentar a história principal do Shippūden, mas antes que eles devem completar uma história original chamada de Kagebōshi. A história é bastante longa e, no fim de tudo eles têm que derrotar o próprio Kagebōshi para avançar para a história principal do Shippūden. O enredo da fase Shippūden neste jogo termina no meio do Arco Resgate de Kazekage (aproximadamente até Episódio 17 da fase Shippūden do anime), após o qual ele se torna um modo livre onde o jogador pode completar várias missões e tarefas, e também pode procurar por símbolos chamados Pedaços de Memória, que são adicionados para desbloquear como lutas do Modo Herói e cut-scenes.
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