Retornando a esse jogo de games anteriores há o recurso de “Corrida na Parede”, que é nada menos que um recurso onde dois shinobi são capazes de lutar ao escalar as paredes da fase selecionada. Porém, ao contrário de jogos anteriores, onde se um jogador corria até a parede o outro era forçado a lutar na parede também, é implícito que se um personagem corre até a parede o outro ainda pode lutar do chão. Esse recurso é exclusivo do Modo História.
Um novo recurso chamado “Troca de Líder” foi introduzido no jogo, onde você pode alternar o personagem principal que você está lutando para lutar contra o seu adversário com seus personagens de apoio. Para adicionar o equilíbrio, os personagens de apoio compartilham a mesma barra de vida com o personagem principal, bem como a manutenção de um estado de Despertar. Como resultado desse novo recurso, personagens apenas de suporte de games anteriores foram retirados. Uma nova versão de Naruto e Sasuke compartilham um único Despertar Combinado quando jogados ao mesmo tempo.
De acordo com Hiroshi Matsuyama, a opção de selecionar um dos três tipos de combate presente em Storm Revolution (Jutsu Supremo, Despertar e Impulso) foi removida. Assim como nos jogos anteriores, o jogador pode usar todos os três tipos durante uma batalha única ou de equipe. Também foi confirmado que antes de iniciar uma batalha, você será capaz de escolher entre múltiplos jutsu e Técnicas Secretas para utilizar na batalha, um recurso que já esteve em alguns jogos anteriores da série Ultimate Ninja, mas agora está fazendo seu regresso.
O jogo vai ser mais realista que seus antecessores, onde um traje pode ser danificado se for atingido e até mesmo desaparecer. Jutsu terão efeitos de longo-prazo sobre trajes. Por exemplo, se uma bola de fogo atinge o personagem, ela permanecerá queimando por um tempo, mas a água pode reverter esse efeito. Destruição de cenário também está presente, tanto em Batalhas de Chefe quanto na batalha livre, e haverá mais pequenos detalhes que mostram como eles ficam desgastados com um ataque.